Run ID: ERR4821404
Sample name:
Date: 01-04-2023 17:14:14
Number of reads: 1773931
Percentage reads mapped: 97.41
Strain: lineage1.2.1.2.1
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage1 | Indo-Oceanic | EAI | RD239 | 1.0 |
lineage1.2.1 | Indo-Oceanic | EAI2 | RD239 | 1.0 |
lineage1.2.1.2 | Indo-Oceanic | NA | RD239 | 1.0 |
lineage1.2.1.2.1 | Indo-Oceanic | NA | RD239 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
fabG1 | 1673432 | c.-8T>G | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrB | 6112 | p.Met291Ile | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8452 | p.Ala384Val | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9143 | c.1842T>C | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9260 | c.1959G>C | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575368 | c.21T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763531 | c.162G>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 763884 | p.Ala172Val | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763886 | c.517C>A | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406312 | c.1029T>C | synonymous_variant | 1.0 |
embR | 1417019 | p.Cys110Tyr | missense_variant | 1.0 |
atpE | 1460907 | c.-138T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472825 | n.980G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
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rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.53 |
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rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
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rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
inhA | 1674162 | c.-40C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102883 | p.Leu54Val | missense_variant | 1.0 |
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katG | 2155274 | p.Pro280Ser | missense_variant | 1.0 |
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PPE35 | 2169269 | c.1344A>G | synonymous_variant | 0.12 |
PPE35 | 2169272 | c.1341C>G | synonymous_variant | 0.11 |
Rv1979c | 2222308 | p.Asp286Gly | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518132 | c.18C>T | synonymous_variant | 1.0 |
kasA | 2519048 | p.Gly312Ser | missense_variant | 1.0 |
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ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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Rv3083 | 3448714 | p.Asp71His | missense_variant | 1.0 |
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fprA | 3474597 | c.591C>A | synonymous_variant | 1.0 |
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fbiB | 3640557 | c.-978T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
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clpC1 | 4039682 | c.1023C>T | synonymous_variant | 0.11 |
clpC1 | 4040517 | p.Val63Ala | missense_variant | 1.0 |
embC | 4240671 | p.Thr270Ile | missense_variant | 1.0 |
embC | 4241042 | p.Asn394Asp | missense_variant | 1.0 |
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embA | 4243580 | c.348G>A | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4244420 | c.1188G>C | synonymous_variant | 1.0 |
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embB | 4247578 | c.1065G>A | synonymous_variant | 1.0 |
embB | 4247646 | p.Glu378Ala | missense_variant | 1.0 |
ubiA | 4269387 | p.Glu149Asp | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4269606 | c.-770T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
ubiA | 4269864 | c.-32delG | upstream_gene_variant | 0.96 |
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whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338603 | c.-82C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407873 | c.330G>T | synonymous_variant | 1.0 |