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Run: ERR4821719
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Run ID: ERR4821719

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:24:56

Number of reads: 3146876

Percentage reads mapped: 96.65

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474628 n.971C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474635 n.979_982delACCG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086987 p.Gln56His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642877 p.Lys448Arg missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0