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Run: ERR4821736
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Run ID: ERR4821736

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:25:39

Number of reads: 2345262

Percentage reads mapped: 97.71

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
rrl 1475956 n.2299G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 linezolid
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
ethA 4326833 c.639_640delGT frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303312 p.Ile128Val missense_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472252 n.407G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472785 n.940G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472786 n.941C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473070 n.1225G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473071 n.1226C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 0.98