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Run: ERR4821761
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Run ID: ERR4821761

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:26:17

Number of reads: 1238120

Percentage reads mapped: 91.61

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6667 p.Gln476His missense_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 619973 c.94_96delCTG conservative_inframe_deletion 0.12
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762156 p.Val784Ile missense_variant 0.13
rpoB 762167 c.2361T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762177 p.Arg791Thr missense_variant 0.17
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.13
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 762197 c.2391C>T synonymous_variant 0.13
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.24
rpoB 762221 c.2415G>A synonymous_variant 0.11
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.12
rpoB 762239 c.2433G>A synonymous_variant 0.14
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.14
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.11
mmpL5 777128 c.1353A>G synonymous_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407220 p.Ala41Thr missense_variant 0.11
atpE 1461088 p.Leu15Pro missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472274 n.429A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474582 n.925T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474615 n.958A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474627 n.970G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474632 n.975G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
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rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474686 n.1029A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474765 n.1108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475122 n.1465C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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