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Run: ERR4821917
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Run ID: ERR4821917

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:31:46

Number of reads: 2427972

Percentage reads mapped: 98.02

Strain: lineage1.1.3.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8188 p.Leu296Pro missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575929 c.582C>T synonymous_variant 1.0
ccsA 619695 c.-196G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801166 p.Gly120Ser missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474454 n.797G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
inhA 1674883 p.Ile228Val missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 0.99
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2746207 c.1392C>T synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
fbiB 3642173 c.639G>A synonymous_variant 1.0
rpoA 3878687 c.-180A>C upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407780 c.423G>A synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0