TB-Profiler result

Run: ERR4821940
Summary

Run ID: ERR4821940

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:32:33

Number of reads: 942204

Percentage reads mapped: 86.24

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.22
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.29
mmpL5 779119 c.-639G>A upstream_gene_variant 0.1
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473161 n.1316A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475766 n.2109G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103225 c.-183A>C upstream_gene_variant 0.3
folC 2746660 c.938delT frameshift_variant 0.15
Rv2752c 3065755 p.Val146Gly missense_variant 0.11
fbiB 3642047 c.513G>C synonymous_variant 0.14
alr 3840638 c.783C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038281 c.2424C>T synonymous_variant 0.11
embA 4246330 p.Thr1033Ile missense_variant 1.0
aftB 4268970 c.-134G>A upstream_gene_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0