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Run: ERR4822004
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Run ID: ERR4822004

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:34:57

Number of reads: 2401747

Percentage reads mapped: 91.28

Strain: lineage1.1.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;EAI5 RD239 0.99
lineage1.1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;ZERO RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8045 c.744C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490972 p.Arg64Ser missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 762026 c.2220G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762053 c.2247T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762057 p.Ile751Val missense_variant 0.11
rpoB 762062 c.2256T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762065 c.2259T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 0.11
rpoB 762092 c.2286G>A synonymous_variant 0.11
rpoB 762104 c.2298C>T synonymous_variant 0.12
rpoB 762110 c.2304G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 0.11
rpoB 762122 p.Asp772Glu missense_variant 0.11
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.11
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.14
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.12
rpoB 763078 p.Val1091Ala missense_variant 0.11
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.1
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763708 c.339G>A synonymous_variant 0.12
rpoC 763714 c.345G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763718 p.Leu117Val missense_variant 0.11
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 764602 c.1233C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764611 c.1242G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 765097 p.Met576Ile missense_variant 0.18
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777581 p.Tyr300* stop_gained 1.0
mmpR5 779234 p.Arg82Pro missense_variant 0.11
mmpR5 779293 p.Ala102Thr missense_variant 0.14
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304845 p.Ala639Thr missense_variant 0.22
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471954 n.109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472256 n.411T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472279 n.434T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472481 n.636G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472674 n.829T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472701 n.856T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472901 n.1056T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474709 n.1052G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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