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Run: ERR4822173
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Run ID: ERR4822173

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:40:44

Number of reads: 763567

Percentage reads mapped: 74.72

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5846 p.Gly203Trp missense_variant 0.17
gyrA 6415 c.-887G>A upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoB 762273 p.Ala823Ser missense_variant 0.12
rpoB 762340 p.Arg845Leu missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472128 n.283G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474294 n.637C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154209 p.Gly635Cys missense_variant 0.14
katG 2156140 c.-29C>A upstream_gene_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
alr 3840618 p.Asp268Gly missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 1.0
ubiA 4269933 c.-100C>G upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0