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Run: ERR4829289
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Run ID: ERR4829289

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Date: 01-04-2023 19:23:41

Number of reads: 2081346

Percentage reads mapped: 97.43

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474615 n.958A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.11
embB 4246548 p.Pro12Gln missense_variant 0.11
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.4
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0