Run ID: ERR4830868
Sample name:
Date: 01-04-2023 20:30:33
Number of reads: 1740533
Percentage reads mapped: 95.48
Strain: lineage4.4.1.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.4 | Euro-American | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1 | Euro-American (S-type) | S;T | None | 1.0 |
lineage4.4.1.1 | Euro-American | S;Orphans | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761277 | p.Ile491Phe | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 0.98 | isoniazid |
pncA | 2289091 | p.His51Asp | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9138 | p.Gln613Glu | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.27 |
rpoC | 766467 | p.Glu1033Ala | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777416 | c.1065G>T | synonymous_variant | 1.0 |
mmpR5 | 779426 | p.Met146Thr | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472969 | n.1124A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472970 | n.1125C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472977 | n.1132G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472978 | n.1133T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474551 | n.894G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474558 | n.901G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474583 | n.926C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474660 | n.1003G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474673 | n.1016T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474676 | n.1019T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1474690 | n.1033C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1474709 | n.1053_1056delTGGT | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1474717 | n.1060_1061insGCCAG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrl | 1474752 | n.1096delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1475044 | n.1387G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475069 | n.1412G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1475369 | n.1712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
ndh | 2102990 | p.Val18Ala | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168479 | p.Thr712Pro | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2169840 | p.Gly258Asp | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518496 | c.382C>T | synonymous_variant | 1.0 |
pepQ | 2860159 | p.Ala87Gly | missense_variant | 0.17 |
Rv2752c | 3065023 | p.Pro390Leu | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448522 | p.Val7Phe | missense_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448608 | c.105G>A | synonymous_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB7 | 3568428 | c.252A>G | synonymous_variant | 0.45 |
whiB7 | 3568779 | c.-100T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612665 | p.Val151Ala | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4246544 | p.Thr11Pro | missense_variant | 0.25 |
embB | 4246584 | p.Arg24Pro | missense_variant | 0.14 |
embB | 4248324 | p.Ala604Gly | missense_variant | 0.26 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |