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Run: ERR6197024
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Run ID: ERR6197024

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:29

Number of reads: 39689

Percentage reads mapped: 11.43

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
ccsA 620610 p.Phe240Leu missense_variant 1.0
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761021 c.1215G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761027 c.1221A>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761031 p.Gln409Asn missense_variant 1.0
rpoB 761037 c.1231_1233delTTGinsCTC synonymous_variant 1.0
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761058 p.Val418Thr missense_variant 1.0
rpoB 761088 c.1282_1284delAGCinsTCT synonymous_variant 1.0
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 1.0
rpoB 761132 c.1326G>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 777858 p.Glu208Gly missense_variant 0.67
fbiC 1305245 p.Leu772Trp missense_variant 0.5
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1471925 n.80_81insGCAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1471930 n.88_89delGA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1471978 n.133C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472495 n.650C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472715 n.870C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472847 n.1004_1005delCT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474294 n.637C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475176 n.1519G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475672 n.2015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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