Run ID: ERR6866368
Sample name:
Date: 02-04-2023 03:24:07
Number of reads: 1952328
Percentage reads mapped: 91.8
Strain: lineage4.1.2.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2.1 | Euro-American (Haarlem) | T1;H1 | RD182 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 0.98 |
fgd1 | 491386 | p.Leu202Ile | missense_variant | 0.2 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575679 | p.Asn111Ser | missense_variant | 1.0 |
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rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 0.98 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
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Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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