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Run ID: ERR6866368

Sample name:

Date: 02-04-2023 03:24:07

Number of reads: 1952328

Percentage reads mapped: 91.8

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.98
fgd1 491386 p.Leu202Ile missense_variant 0.2
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472708 n.863T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472977 n.1132G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3841001 p.Glu140Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4247649 p.Ala379Val missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0