Run ID: SRR21595935
Sample name:
Date: 04-04-2023 02:17:24
Number of reads: 1441987
Percentage reads mapped: 93.11
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.26 |
mshA | 576482 | p.Val379Leu | missense_variant | 0.28 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763655 | p.Glu96Lys | missense_variant | 0.12 |
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mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472513 | n.668T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472549 | n.704G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
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rrs | 1472584 | n.739A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
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rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
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katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
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gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |