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Run: SRR21658552
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Run ID: SRR21658552

Sample name:

Date: 04-04-2023 02:23:12

Number of reads: 1542650

Percentage reads mapped: 98.62

Strain: lineage6.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage6 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
lineage6.1.1 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8493 p.Leu398Phe missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 0.99
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 760855 p.Thr350Ile missense_variant 1.0
rpoB 760969 p.Ser388Leu missense_variant 1.0
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766231 c.2862T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777049 c.1431delG frameshift_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406685 p.Val219Ala missense_variant 1.0
embR 1416633 p.Leu239Val missense_variant 1.0
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472897 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474135 n.478G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
inhA 1674434 p.Val78Ala missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
Rv3236c 3612143 p.Arg325His missense_variant 0.97
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241843 p.Leu661Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243570 p.Thr113Arg missense_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244379 p.Pro383Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4267610 c.1227C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269522 c.-686C>G upstream_gene_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326465 p.Ile337Val missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408034 p.Glu57Lys missense_variant 1.0