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Run: SRR6045432
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Run ID: SRR6045432

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:59:08

Number of reads: 1703326

Percentage reads mapped: 92.41

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620532 c.642T>G synonymous_variant 0.26
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304853 c.1923C>T synonymous_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472161 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472668 n.824dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1474271 n.614A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475573 n.1916G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475576 n.1919C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475717 n.2060C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
fabG1 1674076 p.Thr213Pro missense_variant 0.25
inhA 1674993 c.792G>A synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2153923 p.Lys730Arg missense_variant 0.17
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170004 p.Ile203Met missense_variant 0.11
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PPE35 2170392 p.Gly74Ala missense_variant 0.12
PPE35 2170400 c.213G>C synonymous_variant 0.12
PPE35 2170454 c.159C>G synonymous_variant 0.11
PPE35 2170457 c.156G>C synonymous_variant 0.1
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518151 p.Ser13Arg missense_variant 0.21
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612277 c.840G>C synonymous_variant 1.0
fbiB 3642744 p.Ala404Ser missense_variant 0.22
clpC1 4039667 p.Gln346His missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
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aftB 4268504 c.333G>T synonymous_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0