TB-Profiler result

Run: SRR6045447
Summary

Run ID: SRR6045447

Sample name:

Date: 04-04-2023 11:59:24

Number of reads: 1483866

Percentage reads mapped: 96.23

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.27
ccsA 619931 p.Ser14Tyr missense_variant 0.13
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 778375 p.Ile36Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473353 n.1508C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475760 n.2103C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476704 n.3047G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154688 p.Thr475Ile missense_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 0.98
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2746745 p.Val285Gly missense_variant 0.19
ribD 2987387 c.549G>A synonymous_variant 0.12
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267742 c.1095G>T synonymous_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0