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Run: SRR6046481
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Run ID: SRR6046481

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:17:35

Number of reads: 1496997

Percentage reads mapped: 80.87

Strain: lineage4.1.1.3.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 0.99
lineage4.1.1.3.1 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.24
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303601 p.Glu224Gly missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472161 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472180 n.335A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472181 n.336G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474848 n.1191G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474862 n.1205C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476519 n.2862C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.25
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612835 c.282T>G synonymous_variant 0.23
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
aftB 4269540 c.-704C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0