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Run: SRR6046508
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Run ID: SRR6046508

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:18:01

Number of reads: 1878272

Percentage reads mapped: 90.74

Strain: lineage3.1.2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.2 East-African-Indian CAS;CAS2 RD750 0.99
lineage3.1.2.2 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.26
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472126 n.282delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474286 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474291 n.635_649delTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474311 n.656_657dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474371 n.714C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474934 n.1277C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475696 n.2039T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475703 n.2046A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475756 n.2101_2108delACCCGCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726341 p.Val50Gly missense_variant 0.15
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087476 c.657C>T synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268619 c.217delG frameshift_variant 0.11
ethA 4326176 p.Glu433Ala missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0