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Run: SRR8651616
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Run ID: SRR8651616

Sample name:

Date: 04-04-2023 21:49:10

Number of reads: 1178059

Percentage reads mapped: 57.18

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761095 p.Leu430Pro missense_variant 1.0 rifampicin
rpoB 761097 p.Ser431Gly missense_variant 0.98 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673432 c.-8T>G upstream_gene_variant 1.0 isoniazid
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289159 p.Ala28Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
embA 4243217 c.-16C>T upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4247429 p.Met306Leu missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4325438 c.-1083_*565del transcript_ablation 1.0 ethionamide
ethA 4325440 c.-1083_*563del transcript_ablation 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7145 p.Val636Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.96
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471743 n.-103T>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1471967 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1471980 n.135G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471981 n.136C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472017 n.172C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472027 n.184_188delCGGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472035 n.190G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472041 n.196C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472043 n.198T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472044 n.199G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472067 n.222G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472286 n.441C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472297 n.453_461delGTCCGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472309 n.464C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472311 n.466C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472312 n.468_470delGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472328 n.483G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474286 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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