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Run: SRR8651617
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Run ID: SRR8651617

Sample name:

Date: 04-04-2023 21:49:15

Number of reads: 1203178

Percentage reads mapped: 86.93

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7581 p.Asp94Tyr missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761110 p.Asp435Ala missense_variant 1.0 rifampicin, rifampicin
rpoB 761139 p.His445Asp missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472359 n.514A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289105 p.Ala46Val missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
embB 4249583 p.Asp1024Asn missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
ccsA 620566 p.Asp226Asn missense_variant 1.0
rpoB 759648 c.-159_-158insT upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777254 c.1227G>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 777640 c.832_840dupGCCATCTTC conservative_inframe_insertion 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800678 c.-131C>T upstream_gene_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4248548 p.Ala679Thr missense_variant 1.0
whiB6 4338535 c.-14C>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1405921 c.1257_*159del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0
whiB6 4337716 c.-15_*454del transcript_ablation 1.0