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Run: SRR8651633
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Run ID: SRR8651633

Sample name:

Date: 04-04-2023 21:50:25

Number of reads: 672130

Percentage reads mapped: 19.68

Strain: lineage4.4.2

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.2 Euro-American T1;T2 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrB 6749 p.Ala504Thr missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Phe missense_variant 0.89 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289027 p.Cys72Tyr missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7087 p.Met616Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576488 p.Val381His missense_variant 0.13
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762178 p.Arg791Pro missense_variant 0.11
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.11
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762947 c.-423C>G upstream_gene_variant 0.19
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762980 c.-390T>C upstream_gene_variant 0.24
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 762995 c.-375G>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.2
rpoB 763014 p.Met1070Leu missense_variant 0.18
rpoB 763017 p.Gln1071Glu missense_variant 0.19
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.22
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.25
rpoB 763038 p.Thr1078Ala missense_variant 0.16
rpoC 763043 c.-327G>C upstream_gene_variant 0.17
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.19
rpoB 763077 p.Val1091Thr missense_variant 0.16
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764485 c.1116G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764503 c.1134G>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764509 c.1140G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 764512 c.1143G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.12
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801047 p.Tyr80Cys missense_variant 1.0
fbiC 1304892 p.Ile654Met missense_variant 0.15
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472284 n.439C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472332 n.487A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472333 n.488G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472868 n.1023T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472869 n.1024G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472870 n.1025T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472874 n.1029C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.15
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474185 n.528G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474201 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474383 n.726G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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