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Run: ERR1750931
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Run ID: ERR1750931

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:01:00

Number of reads: 7921177

Percentage reads mapped: 96.6

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.99
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.99
mmpL5 778067 c.413delG frameshift_variant 0.99
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472623 n.778A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473812 n.155G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473815 n.158T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473822 n.165A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473835 n.179delA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1473870 n.213G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474081 n.424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474488 n.831G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474516 n.859C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474747 n.1090C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476428 n.2771C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
fabG1 1673264 c.-176A>C upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.99
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0