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Run: ERR2446456
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Run ID: ERR2446456

Sample name:

Date: 15-08-2022 11:02:56

Number of reads: 287507

Percentage reads mapped: 99.93

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2154154 p.Leu653Pro missense_variant 0.14 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoB 762864 p.Gly1020Cys missense_variant 0.17
mmpL5 775651 c.2830C>A synonymous_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472970 n.1126delG non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472975 n.1130T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474417 n.760A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476355 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476359 n.2702C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476368 n.2711T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476470 n.2813C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476720 n.3063G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
PPE35 2168083 p.Ile844Val missense_variant 0.2
PPE35 2168269 p.Gly782Cys missense_variant 0.2
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 0.8
pncA 2289465 c.-224G>T upstream_gene_variant 0.18
pepQ 2859937 p.Gly161Val missense_variant 0.2
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338369 c.153C>A synonymous_variant 0.15