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Run: ERR2512599
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Run ID: ERR2512599

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:08:15

Number of reads: 2109316

Percentage reads mapped: 96.39

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8948 c.1647G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9741 p.Ala814Thr missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.25
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304136 c.1206C>G synonymous_variant 0.21
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
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rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472843 n.998_999insT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472846 n.1002delG non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472849 n.1004C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472855 n.1011_1012insGT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472901 n.1056T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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