Run ID: ERR2512832
Sample name:
Date: 31-03-2023 19:17:06
Number of reads: 674087
Percentage reads mapped: 88.83
Strain: lineage4.3.4.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.4 | Euro-American (LAM) | LAM | RD174 | 1.0 |
lineage4.3.4.1 | Euro-American (LAM) | LAM1;LAM2 | RD174 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 | streptomycin |
folC | 2747454 | p.Arg49Trp | missense_variant | 0.14 | para-aminosalicylic_acid |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8550 | c.1252delC | frameshift_variant | 0.1 |
gyrA | 8715 | p.Pro472Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576667 | p.Ser440Arg | missense_variant | 0.2 |
rpoB | 759608 | c.-199C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoB | 760439 | p.Asp211Glu | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 762902 | c.-468C>T | upstream_gene_variant | 0.1 |
rpoC | 764620 | c.1251G>T | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 764623 | c.1254C>G | synonymous_variant | 0.13 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303028 | p.Ala33Asp | missense_variant | 0.18 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472494 | n.649A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472496 | n.651T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472498 | n.653C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.69 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.78 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.68 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.81 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.72 |
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rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.49 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.84 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.63 |
rrs | 1472655 | n.810G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.85 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrs | 1472680 | n.835C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472690 | n.845C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
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rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
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rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
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rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1473148 | n.1303G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
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rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
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rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
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rrs | 1473199 | n.1356delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
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rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473288 | n.1443C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473289 | n.1444_1445insTTTG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473293 | n.1449delA | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473300 | n.1455C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473301 | n.1456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1474249 | n.592G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474252 | n.595T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474529 | n.872A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474537 | n.880G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474540 | n.883T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476251 | n.2594T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476257 | n.2600G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rpsA | 1833473 | c.-69C>T | upstream_gene_variant | 0.1 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1918411 | p.Ile158Phe | missense_variant | 0.15 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726323 | p.Pro44Arg | missense_variant | 1.0 |
pepQ | 2859830 | p.Gly197Arg | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 0.96 |
thyA | 3074645 | c.-174T>G | upstream_gene_variant | 0.29 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3448598 | p.Ile32Thr | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612009 | p.Ala370Thr | missense_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612768 | p.Ala117Pro | missense_variant | 1.0 |
fbiB | 3641511 | c.-24G>A | upstream_gene_variant | 0.12 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
clpC1 | 4039031 | c.1674T>C | synonymous_variant | 0.11 |
clpC1 | 4039042 | p.Ser555Thr | missense_variant | 0.11 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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embB | 4246755 | p.Ala81Val | missense_variant | 0.25 |
embB | 4247576 | c.1063_1064insA | frameshift_variant | 0.12 |
ubiA | 4269217 | p.Ile206Thr | missense_variant | 0.11 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |