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Run: ERR2512841
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Run ID: ERR2512841

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:17:37

Number of reads: 2447381

Percentage reads mapped: 98.36

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7570 p.Ala90Val missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 0.99 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
eis 2715342 c.-10G>A upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4248003 p.Gln497Arg missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326770 c.703delT frameshift_variant 1.0 ethionamide, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472682 n.837T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102417 p.Ala209Val missense_variant 0.99
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086731 c.-89A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243346 c.114A>G synonymous_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.98
whiB6 4338371 p.Thr51Pro missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0