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Run: ERR2514351
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Run ID: ERR2514351

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Date: 31-03-2023 20:17:07

Number of reads: 1045508

Percentage reads mapped: 96.02

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575950 c.603C>T synonymous_variant 0.12
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.2
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.28
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 761400 p.Arg532Cys missense_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.19
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 764644 c.1275G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764656 c.1287C>A synonymous_variant 0.15
rpoC 764662 c.1293G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764664 p.Val432Gly missense_variant 0.15
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764703 p.Lys445Ser missense_variant 0.15
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.15
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777119 p.His454Gln missense_variant 0.16
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.16
mmpL5 777128 c.1353A>G synonymous_variant 0.11
mmpL5 777820 c.661C>T synonymous_variant 1.0
mmpR5 779277 c.291dupC frameshift_variant 0.1
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406538 p.Ala268Val missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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