Run ID: ERR2514514
Sample name:
Date: 31-03-2023 20:23:05
Number of reads: 1223757
Percentage reads mapped: 94.51
Strain: lineage3
Drug-resistance: RR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761127 | p.Ser441Ala | missense_variant | 0.11 | rifampicin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
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gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
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fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
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mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
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