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Run: ERR2514550
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Run ID: ERR2514550

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:24:38

Number of reads: 1228885

Percentage reads mapped: 90.42

Strain: lineage3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761140 p.His445Arg missense_variant 0.93 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 764458 c.1089G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764461 c.1092A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764497 c.1128A>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764521 c.1152T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764530 c.1161C>T synonymous_variant 0.23
rpoC 764536 c.1167G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764548 c.1179G>A synonymous_variant 0.11
rpoC 764554 c.1185C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.16
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.1
rpoC 764593 c.1224C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpR5 779482 p.Asp165Asn missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.18
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288893 c.349C>T synonymous_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
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