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Run: ERR2514896
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Run ID: ERR2514896

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:37:38

Number of reads: 1395150

Percentage reads mapped: 95.93

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57 streptomycin
gid 4408087 c.115delC frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.32
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.23
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1416561 p.Lys263Glu missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474713 n.1056T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474460 p.Val152Ile missense_variant 1.0
fbiA 3641453 p.Arg304Gln missense_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
embC 4241465 p.Phe535Ile missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0