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Run ID: ERR3439235

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:58:46

Number of reads: 33282

Percentage reads mapped: 2.02

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303918 p.Arg330Cys missense_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472574 n.729T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472583 n.738T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472917 n.1072G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473054 n.1209C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
pepQ 2859363 c.1056T>A synonymous_variant 1.0
pepQ 2859801 c.618G>A synonymous_variant 1.0
Rv3083 3449833 p.Val444Met missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
embA 4243836 p.Leu202Ile missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0