Run ID: ERR3439294
Sample name:
Date: 01-04-2023 02:01:54
Number of reads: 27105
Percentage reads mapped: 2.37
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
pncA | 2289073 | p.His57Asp | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 8285 | c.984C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 0.75 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1472887 | n.1042G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472912 | n.1067C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472917 | n.1072G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472953 | n.1108G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472982 | n.1137G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
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rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
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rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrs | 1473177 | n.1332G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473191 | n.1346C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473198 | n.1354delC | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473202 | n.1357C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1473206 | n.1361G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 |
rrl | 1476356 | n.2699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
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rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.96 |
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rrl | 1476455 | n.2798C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
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rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
ndh | 2102193 | p.Arg284Trp | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168011 | p.Ser868Arg | missense_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065988 | p.Glu68Asp | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086728 | c.-92C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4240671 | p.Thr270Ile | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embB | 4246864 | c.351C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |