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Run: ERR3439294
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Run ID: ERR3439294

Sample name:

Date: 01-04-2023 02:01:54

Number of reads: 27105

Percentage reads mapped: 2.37

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.75
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472917 n.1072G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473054 n.1209C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473191 n.1346C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473206 n.1361G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1476356 n.2699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476383 n.2726T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476384 n.2727G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
ndh 2102193 p.Arg284Trp missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
Rv2752c 3065988 p.Glu68Asp missense_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0