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Run: ERR4814554
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Run ID: ERR4814554

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:21:30

Number of reads: 1690167

Percentage reads mapped: 97.25

Strain: lineage4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777310 p.Gly391Ser missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472659 n.814G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472664 n.819A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472666 n.821G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472694 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473350 n.1505T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475061 n.1404C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474774 c.768G>C synonymous_variant 1.0
whiB7 3568418 c.250_261delGGACGTCCGCGC conservative_inframe_deletion 1.0
alr 3841505 c.-85C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 0.97
ethA 4326117 p.Thr453Ser missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0