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Run: ERR4814697
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Run ID: ERR4814697

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:26:31

Number of reads: 710258

Percentage reads mapped: 94.22

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.25
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473480 n.-178C>T upstream_gene_variant 0.22
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475977 n.2320A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476529 n.2872A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476602 n.2945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918068 c.129C>A synonymous_variant 0.23
ndh 2102990 p.Val18Ala missense_variant 1.0
PPE35 2168479 p.Thr712Pro missense_variant 1.0
PPE35 2169840 p.Gly258Asp missense_variant 1.0
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.1
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290226 c.-985T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448608 c.105G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
whiB7 3568779 c.-100T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612665 p.Val151Ala missense_variant 1.0
fbiA 3640910 c.373delC frameshift_variant 0.11
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268466 p.Val124Ala missense_variant 0.12
ubiA 4268986 p.Val283Ala missense_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0