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Run: ERR4815534
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Run ID: ERR4815534

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:55:08

Number of reads: 1457822

Percentage reads mapped: 82.72

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9768 p.Gly823Arg missense_variant 1.0
rpoC 763528 c.159G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473514 n.-144C>T upstream_gene_variant 0.12
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476573 n.2916A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518606 c.492G>C synonymous_variant 0.11
kasA 2518609 p.Met165Ile missense_variant 0.12
Rv2752c 3064738 p.Gln485Pro missense_variant 1.0
alr 3840426 p.Gly332Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0