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Run: ERR4815680
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Run ID: ERR4815680

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:00:14

Number of reads: 1366619

Percentage reads mapped: 97.06

Strain: lineage1.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.2 Indo-Oceanic EAI3;EAI5 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrB 6124 c.885C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.97
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.98
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 8542 p.Val414Ala missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 760490 c.684C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.97
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776395 p.Phe696Leu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472410 n.565A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473052 n.1207G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473053 n.1208T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473107 n.1262G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
eis 2715016 p.Arg106His missense_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
pepQ 2860398 c.21A>C synonymous_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.97
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 0.98
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 0.98
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embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 0.97