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Run: ERR4815738
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Run ID: ERR4815738

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:02:07

Number of reads: 846321

Percentage reads mapped: 94.98

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575905 c.558G>A synonymous_variant 0.15
mshA 575988 p.Ile214Thr missense_variant 0.13
mshA 576660 p.Leu438Ser missense_variant 0.11
mshA 576750 p.Lys468Thr missense_variant 0.2
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.2
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 766576 c.3207C>T synonymous_variant 0.18
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472496 n.651T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518182 p.Thr23Met missense_variant 0.15
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474984 c.978G>C synonymous_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
ddn 3986722 c.-122A>G upstream_gene_variant 0.1
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244959 p.Ala576Val missense_variant 0.11
embB 4249765 c.3252C>T synonymous_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0