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Run: ERR4816403
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Run ID: ERR4816403

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:24:39

Number of reads: 1079020

Percentage reads mapped: 88.12

Strain: lineage6.2.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage6 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
lineage6.2 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
lineage6.2.3 West-Africa 2 AFRI_1 RD702 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5072 c.-168G>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrB 7121 p.Pro628Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8493 p.Leu398Phe missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491668 p.Lys296Glu missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.18
rpoB 760969 p.Ser388Leu missense_variant 1.0
rpoB 761723 p.Glu639Asp missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406685 p.Val219Ala missense_variant 1.0
embR 1416633 p.Leu239Val missense_variant 1.0
atpE 1461251 c.207G>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
inhA 1674414 c.213G>A synonymous_variant 1.0
inhA 1674434 p.Val78Ala missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169814 c.769_798delATCGGCATAGGAAACGCGGGCGCCAACAAC conservative_inframe_deletion 0.46
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474352 p.Gly116Cys missense_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
Rv3236c 3612800 p.Val106Ala missense_variant 1.0
alr 3840559 p.Arg288Ser missense_variant 1.0
alr 3840618 p.Asp268Gly missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241843 p.Leu661Ile missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243541 c.309C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244220 c.988C>T synonymous_variant 1.0
embA 4244379 p.Pro383Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269522 c.-686C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326465 p.Ile337Val missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0