TB-Profiler result

Run: ERR4816545
Summary

Run ID: ERR4816545

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:29:22

Number of reads: 627939

Percentage reads mapped: 91.49

Strain:

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575704 c.357T>G synonymous_variant 0.4
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763471 c.102C>A synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775754 c.2727C>T synonymous_variant 0.15
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776348 c.2133G>A synonymous_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303667 p.Thr246Ile missense_variant 0.12
embR 1417193 p.Val52Asp missense_variant 0.22
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1473427 n.-231G>A upstream_gene_variant 0.15
rrl 1474415 n.758C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476764 n.3107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
fabG1 1673560 p.Lys41Leu missense_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726746 p.Leu185Pro missense_variant 0.11
folC 2747597 c.2T>C start_lost 0.15
Rv2752c 3066336 c.-145C>T upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067821 p.Ala42Val missense_variant 0.15
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475132 p.Gln376* stop_gained 0.4
fbiA 3641332 p.Gly264Arg missense_variant 0.18
fbiB 3641791 p.Leu86Ser missense_variant 0.25
fbiB 3642872 p.Ile446Met missense_variant 0.22
alr 3840265 p.Ile386Val missense_variant 0.22
alr 3840300 p.Pro374His missense_variant 0.33
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878313 c.195G>C synonymous_variant 0.14
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4248037 c.1524T>A synonymous_variant 0.12
embB 4248180 p.Ile556Asn missense_variant 0.1
ethA 4328435 c.-962C>A upstream_gene_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0