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Run: ERR4816561
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Run ID: ERR4816561

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:30:02

Number of reads: 1415910

Percentage reads mapped: 98.23

Strain: lineage3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777820 c.661C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472959 n.1114_1115insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475188 n.1531C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039481 c.1224T>G synonymous_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4247426 p.Gly305Cys missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0