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Run: ERR4816627
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Run ID: ERR4816627

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:32:22

Number of reads: 1207320

Percentage reads mapped: 96.6

Strain: lineage2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7840 p.Gly180Ala missense_variant 0.11
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576488 p.Val381His missense_variant 0.17
ccsA 619831 c.-60T>G upstream_gene_variant 0.31
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.19
rpoB 761389 p.Asp528Val missense_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763662 p.Ala98Val missense_variant 0.12
rpoC 763942 c.573C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764286 p.Gly306Asp missense_variant 0.13
rpoC 766470 c.3102delG frameshift_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304845 p.Ala639Thr missense_variant 0.25
Rv1258c 1406152 c.1189C>T synonymous_variant 0.11
Rv1258c 1406732 c.609G>T synonymous_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474164 n.507C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476260 n.2603A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2519041 c.927C>T synonymous_variant 0.22
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449062 p.Ala187Thr missense_variant 0.12
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
clpC1 4039594 p.Arg371Gly missense_variant 0.12
clpC1 4039602 p.Ala368Val missense_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242787 c.-446G>C upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embA 4243700 c.468C>T synonymous_variant 0.12
embA 4244448 c.1220delC frameshift_variant 0.13
embA 4246001 c.2771dupA frameshift_variant 0.12
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4328392 c.-919C>T upstream_gene_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0