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Run: ERR4816779
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Run ID: ERR4816779

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:37:33

Number of reads: 1462303

Percentage reads mapped: 97.45

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7314 p.Thr5Ala missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.23
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.26
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 760882 p.Val359Ala missense_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764541 p.Val391Gly missense_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472833 n.989_990dupAT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472837 n.993delA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472840 n.995A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472843 n.999delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472849 n.1004C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472863 n.1018T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472869 n.1024G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472878 n.1033G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472955 n.1110C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472969 n.1125delC non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472974 n.1130delT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472991 n.1146G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473009 n.1165delC non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918142 p.His68Arg missense_variant 1.0
ndh 2102421 p.Lys208Glu missense_variant 0.98
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475264 p.Ser420Pro missense_variant 1.0
whiB7 3568857 c.-178C>T upstream_gene_variant 1.0
panD 4044023 c.259C>T synonymous_variant 1.0
embC 4240648 c.786C>T synonymous_variant 0.23
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0