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Run: ERR4817306
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Run ID: ERR4817306

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:55:05

Number of reads: 2511768

Percentage reads mapped: 98.26

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9596 c.2295G>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764181 p.Asp271Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473112 n.1267A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1473773 n.116C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475767 n.2110_2111insT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.13
PPE35 2170769 c.-157C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3338976 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0