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Run: ERR4817800
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Run ID: ERR4817800

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:12:01

Number of reads: 2172131

Percentage reads mapped: 96.65

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777820 c.661C>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472553 n.708C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472582 n.737G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472594 n.749G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472735 n.890C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472740 n.895G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
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rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3841473 c.-53G>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039481 c.1224T>G synonymous_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0