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Run: ERR4817907
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Run ID: ERR4817907

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:15:45

Number of reads: 2416988

Percentage reads mapped: 97.51

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9596 c.2295G>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764181 p.Asp271Gly missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472100 n.255T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472138 n.293C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472139 n.294C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472146 n.301G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472147 n.302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472158 n.313C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472687 n.842A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473023 n.1178G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473054 n.1209C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474826 n.1169T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475656 n.1999G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 0.99
PPE35 2170769 c.-157C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
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