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Run: ERR4818370
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Run ID: ERR4818370

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:31:41

Number of reads: 7890394

Percentage reads mapped: 96.61

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472838 n.993A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475747 n.2090A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475766 n.2109G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475781 n.2124T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155617 c.495T>C synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3074220 c.252A>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
ethR 4327303 c.-246G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0