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Run: ERR4818797
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Run ID: ERR4818797

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:45:18

Number of reads: 783401

Percentage reads mapped: 86.39

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 762652 p.Trp949Leu missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801414 c.606C>T synonymous_variant 1.0
atpE 1460846 c.-199C>A upstream_gene_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472282 n.437T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472959 n.1114_1115insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473264 n.1419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473295 n.1450G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475673 n.2016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475706 n.2049A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475766 n.2109G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476548 n.2891T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.12
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.14
rpsA 1834345 c.804C>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1834378 c.837T>C synonymous_variant 0.12
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ribD 2986703 c.-136A>G upstream_gene_variant 0.12
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612819 p.Asn100His missense_variant 0.18
rpoA 3878022 c.486T>C synonymous_variant 0.11
rpoA 3878028 c.480G>C synonymous_variant 0.11
rpoA 3878031 c.477T>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
clpC1 4039106 c.1599G>A synonymous_variant 0.1
embC 4241566 p.Ile568Met missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268811 p.Ser9Leu missense_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0