Run ID: ERR4819683
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:15:08
Number of reads: 3529256
Percentage reads mapped: 94.94
Strain: lineage4.1.4
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.4 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpsL | 781822 | p.Lys88Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.94 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 778042 | p.Ala147Thr | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472127 | n.282C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472151 | n.306C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.79 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.82 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
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rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.89 |
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rrl | 1476614 | n.2957A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
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embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
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whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |