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Run: ERR4820184
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Run ID: ERR4820184

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:32:02

Number of reads: 1066196

Percentage reads mapped: 91.72

Strain: lineage3

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.15 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
inhA 1674048 c.-154G>A upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761132 c.1326G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761150 c.1344A>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761159 c.1353G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761174 c.1368T>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761465 c.1659G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764293 c.924G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.12
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472416 n.571C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472427 n.582T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472436 n.591G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472449 n.604C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472450 n.605A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472451 n.606C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.17
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155228 p.Gln295Ala missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289883 c.-642C>T upstream_gene_variant 0.1
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726341 p.Val50Gly missense_variant 0.35
folC 2747648 c.-50G>A upstream_gene_variant 0.12
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243440 c.208C>T synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4408135 p.Ala23Asp missense_variant 1.0