Run ID: ERR4820184
Sample name:
Date: 01-04-2023 16:32:02
Number of reads: 1066196
Percentage reads mapped: 91.72
Strain: lineage3
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761127 | p.Ser441Ala | missense_variant | 0.15 | rifampicin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | streptomycin |
inhA | 1674048 | c.-154G>A | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoB | 761102 | c.1296A>G | synonymous_variant | 0.12 |
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rpoB | 761159 | c.1353G>C | synonymous_variant | 0.17 |
rpoB | 761165 | c.1359G>C | synonymous_variant | 0.17 |
rpoB | 761174 | c.1368T>C | synonymous_variant | 0.15 |
rpoB | 761180 | c.1374A>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoB | 761465 | c.1659G>A | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 764293 | c.924G>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 764602 | c.1233C>T | synonymous_variant | 0.12 |
rpoC | 764605 | c.1236G>T | synonymous_variant | 0.12 |
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rpoC | 764678 | p.Lys437Gln | missense_variant | 0.12 |
rpoC | 764706 | p.Leu446Gln | missense_variant | 0.12 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
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rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
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rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
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rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
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rrl | 1476540 | n.2883C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476542 | n.2885T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
katG | 2155228 | p.Gln295Ala | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289047 | c.195C>T | synonymous_variant | 1.0 |
pncA | 2289365 | c.-125delC | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289883 | c.-642C>T | upstream_gene_variant | 0.1 |
ahpC | 2726105 | c.-88G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726341 | p.Val50Gly | missense_variant | 0.35 |
folC | 2747648 | c.-50G>A | upstream_gene_variant | 0.12 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242075 | p.Arg738Gln | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243440 | c.208C>T | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4408135 | p.Ala23Asp | missense_variant | 1.0 |