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Run: ERR4820194
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Run ID: ERR4820194

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:32:29

Number of reads: 2034587

Percentage reads mapped: 97.23

Strain: La3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La3 M.orygis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5516 p.Ile93Val missense_variant 1.0
gyrB 5929 c.690G>A synonymous_variant 1.0
gyrB 6109 c.870G>A synonymous_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrB 6717 p.Ile493Thr missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9599 c.2298G>A synonymous_variant 1.0
fgd1 490661 c.-122_-121insGCGAGC upstream_gene_variant 0.99
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
fgd1 491749 p.Leu323Phe missense_variant 1.0
rpoB 762352 c.2557_2562dupGACGAG conservative_inframe_insertion 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
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mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 778086 c.394dupG frameshift_variant 1.0
mmpR5 778996 p.Val3Ile missense_variant 1.0
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rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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ethA 4328211 c.-738A>G upstream_gene_variant 1.0
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whiB6 4338516 c.5_6insCTTCCCGCCCCGACAGCCTGGGCCGACCCGTCGGTTAATGCG disruptive_inframe_insertion 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0